Fotbalově vyrůstal v Cremonese, za něž hrál v letech 1974-78, tři roky Serii C1 a jeden rok Serii B. Všimli si jej v Bergamu a přivedli do svch řad. Jeho sen se splnil, když nastupoval za Juventus, se kterým vyhrál třikrát italksou ligu, italský pohár a Pohár vítězů pohárů - v týmu Staré dámy se ale nikdy nestal skutečným pilířem a tak se v roce 1985 vrátil do Atalanty a po sezoně 1989/90 ukončil profesionální kariéru.
V Atalantě byl od roku 1993 trenérem Primavery. Běehem čtyř sezon u mládeže Atalanty objevil mnoho talentovaných fotbalistů, ve své první sezoně vyhrál s Atalantou slavný mládežnický Coppa Carnivale ve Viareggiu. V roce 1994 odkoučoval i několk utkání hlavního týmu. Brzy už bylo jen otázkou času, než se dostane výš. První skutečnou šanci dostal Prandelli v Lecce. V roce 1997 se stal hlavním trenérem ovšem v prvním působení pobyl pouze 18 zápasů. V lednu 1998 po špatných výsledcíh rezignoval, Lecce se nevyhnulo sestupu do Serie B.
Poté se stal hlavním trenérem ve Veroně, kterou vedl dvě sezony, mejprve vybojoval postup do Serie A a následně dovedl tým na vynikající deváté místo. Po Veroně působil v Benátkách, klub přivedl k postupu do Serie A, aby po pouhých pěti utkáních následující sezony rezignoval. Následovala úspěšná štace v Parmě.
Zde prožil první velké úspěchy jako trenér. S Parmou skončil dvakrát po sobě na 5. místě a to i přes velké finanční problémy. Právě pod Prandellim vyrostly hvězdy jako Mutu či Adriano jejichž prodeje bránily Parmu před krachem, nastartoval taktéž kariéru Alberta Gilardina a mnoha dalších.
Příkladnou prací pro Parmu získal nabídku na trénování AS Řím a to v roce 2004. Tady ale Prandelli ještě před začátkem sezony rezignoval kvůli vážnému onemocnění jeho manželky Manuely. Poznali se v době, kdy Cesare působil coby hráč v Cremonese, mají spolu dvě děti - dceru Carolinu a syna Niccola, který pracuje v realizačním týmu Fiorentiny.
V sezoně 2005-06 začalo jeho fialové pouto. Prandelli převzal po Dinu Zoffovi Fiorentinu a hned ve své první sezoně s ní skončil na 4. místě. Kvůli Calciopoli je ovšem Fiorentině v konečné tabulce odebráno 30 bodů a sen o Champions league se rozplynul. V následující sezoně navíc Fiorentina začínala s -19 body a i proto skončila jen v polovině tabulky. Sezona 2007-08 byla pro Fiorentinu více než úspešná. V poháru UEFA dokráčela až do semifinále a v Serii A skončila na 4. místě. Konečně tak mohla hrát Champions League. Cesareho ale v průběhu této sezony potkala obrovská rána - 26. listopadu 2007 podlehla jeho manželka Manuela Caffi dlouhodobé nemoci. Il Mister zvažoval konec své trenérské kariéry, mohutná podpora fanoušků mu však dala sílu pokračovat.
V sezoně 2008-09 Fiorentina neprošla přes základní skupinu Champions League, ale Prandelli tým opět dovedl ke 4. místu a vybojoval pro klub druhou účast v nejprestižnější soutěži světa v řadě. V ročníku 2009-10 již Fiorentina postoupila ze základní skupiny Ligy Mistrů a Cesare Prandelli se může pochlubit, že porazil týmy jako Lyon, či dokonce Liverpool v obou zápasech.
V průběhu podzimu se Cesare zapsal do historie klubu tím nejlepším možným způsobem, stal se nejdéle sloužícím trenérem a taktéž trenérem, který dovedl Fiorentinu k nejvyššímu počtu vítězných zápasů. A jak sám řekl, oním památným vítězstvím na Liverpoolem nepřepsal historii, tímto dnem s jejím přepisovaním teprve začíná!