
Natali fotbalově vyrůstal v Bergamu ale první šanci hrát, dostal v týmu Lecco během sezony 1998/99. Na další sezonu dostal šanci v Atalantě ale do základní sestavy se nemohl prosadit.
Když pak Atalanta postoupila do Serie A, v sezoně 1999/00, musel Cesare vzít zavděk hostováním v Monze.
V další sezoně se konečně dočkal a v Atalantě patřil mezi hráče základní sestavy.
V létě roku 2005 se stěhoval do Udinese, kde odehrál 19 zápasů a vstřelil jeden gól.
Před sezonou 2007 se přestěhoval do Turína, kde se stal velmi důležitým hráčem a v podstatě na něm stála defenziva týmu. V sezoně 2008/09 ale ani on nezabránil sestupu do Serie B.
Po této sezoně si jej vyhlédla Fiorentina a za 2,6 milionů eur jej koupila, aby zastával post 3 stopera.
| Sezona | Klub | Soutěž | Zápasy | Góly |
| 2011/2012 | Fiorentina | Serie A | 13 | 0 |
| 2010/2011 | Fiorentina | Serie A | 20 | 0 |
| 2009/2010 | Fiorentina | Serie A | 17 | 0 |
| 2008/2009 | Torino | Serie A | 26 | 2 |
| 2007/2008 | Torino | Serie A | 24 | 1 |
| 2006/2007 | Udinese | Serie A | 32 | 0 |
| 2005/2006 | Udinese | Serie A | 19 | 1 |
| 2004/2005 | Atalanta | Serie A | 34 | 1 |
| 2003/2004 | Bologna | Serie A | 31 | 0 |
| 2002/2003 | Atalanta | Serie A | 27 | 1 |
| 2001/2002 | Atalanta | Serie A | 7 | 0 |
| 2000/2001 | Atalanta | Serie A | 0 | 0 |
| 1999/2000 | Atalanta | Serie B | 1 | 0 |
| 1999/2000 | Monza | Serie B | 11 | 1 |
| 1998/1999 | Lecco | Serie C1/A | 22 | 1 |
| 1997/1998 | Atalanta | Serie A | 0 | 0 |
| 1996/1997 | Atalanta | Serie A | 0 | 0 |
| Celkem | Serie A | (11 sezon) | 250 | 6 |
| Celkem | Fiorentina | (3 sezony) | 50 | 0 |