Comotto začal svoji kariéru v týmu Ivrea, jenž tehdy hrála Serii D. V roce 1997 se dostal do Turína, kde odehrál 12 zápasů a pomohl tak týmu k postupu do Serie A. Poté se postloukal po hostování hlavně ve Vicenze, díky které mohl v roce 2000 konečně debutovat i v Serii A.
V roce 2001 se vrátil do Turína, aby se rok na to opět stěhoval, tentokrát do Reggiany a poté do Fiorentiny. V roce 2004 se opět vrátil do Turína. Tomu pomohl pomohl znovu k postupu do Serie A ale kvůli nedostatku financí zůstal Turín v Serii B a Comotto si musel hledat nové angažmá. Podepsal smlouvu s AS Řím, ale jeho 50% i on sám šlo do Ascoli.
Turín se mezitím vzchopil a Comotta opět odkoupil. Gianluca se v roce 2007 stal i tamním kapitánem a jelikož jeho výkony byly více než solidní, 5.7. 2008 ho koupila Fiorentina.
| Sezona | Klub | Soutěž | Zápasy | Góly |
| 2010/2011 | Fiorentina | Serie A | 20 | 0 |
| 2009/2010 | Fiorentina | Serie A | 26 | 0 |
| 2008/2009 | Fiorentina | Serie A | 28 | 0 |
| 2007/2008 | Torino | Serie A | 23 | 1 |
| 2006/2007 | Torino | Serie A | 35 | 3 |
| 2005/2006 | Ascoli | Serie A | 31 | 2 |
| 2004/2005 | Torino | Serie B | 37 | 1 |
| 2003/2004 | Reggina | Serie A | 14 | 0 |
| 2003/2004 | Fiorentina | Serie B | 15 | 0 |
| 2002/2003 | Torino | Serie A | 20 | 0 |
| 2001/2002 | Torino | Serie A | 27 | 2 |
| 2000/2001 | Vicenza | Serie A | 25 | 3 |
| 1999/2000 | Torino | Serie A | 0 | 0 |
| 1999/2000 | Vicenza | Serie B | 22 | 0 |
| 1998/1999 | Torino | Serie B | 8 | 0 |
| 1997/1998 | Torino | Serie B | 4 | 1 |
| 1996/1997 | Biellese | Serie C1 | 30 | 0 |
| 1995/1996 | Ivrea | Serie C1 | 22 | 1 |
| 1994/1995 | Ivrea | Serie C1 | 1 | 0 |
| Celkem | Serie A | (10 sezon) | 249 | 11 |
| Celkem | Fiorentina | (4 sezony) | 89 | 0 |