
Ačkoliv Maročan, Houssine Kharja se narodil ve Francii, nedaleko Paříže ve městě Poissy. Nejprve prošel mládežnickou akademií slavného Paris Saint-Germain, než se v roce 2000 přestěhoval do portugalského Sportingu Lisabon. I tam nadále působil mezi juniory a setkal se tam v jednom týmu mimo jiné i s Cristiano Ronaldem.
V srpnu 2001 kývl na nabídku tehdy ambiciózního celku z Ternany a přestěhoval se do Itálie. Tam odehrál čtyři vynikající sezony, společně s Luisem Jimenezem byli ozdobou celé Serie B a Ternana tehdy jen těsně nedokázala postoupit do Serie A. V létě 2005 odešel na roční hostování do AS Roma, kde taktéž přesvědčil o svých kvalitách, jenže Ternana a Roma se následně nedokázaly dohodnout na přestupu a odnesl to hráč. Byl v Ternaně vyřazen z kádru, po mnohaměsíčním právním boji a po téměř osmi měsících bez fotbalu se konečně v dubnu 2007 coby volný hráč dohodl s Piacenzou.
Tam opět dokázal, že Serii B přerostl a již v zimě se přesunul na hostování do Sieny. V létě se toto hostování změnilo na přestup a v Sieně Kharja zůstal až do července 2009, kdy jej do svých služeb zlákal janovský Genoa CFC. V Janově začal skvěle, ale zabrzdilo jej zranění kolene, po kterém se již nedokázal vrátit do základní sestavy. V lednu 2011 tak přijal nabídku na půlroční hostování v Interu Milán, kde kromě 15 zápasů v Serii A nastoupil i v Champions League a Italském poháru.
Fiorentina jej získala z Janova do společného vlastnictví za částku mezi třemi a čtyřmi miliony eur, Kharjův roční plat by měl být přes milion eur se stotisícovými bonusy pokud nastřílí šest a více branek a také pokud se tým kvalifikuje do evropských pohárů. Kontrakt byl podepsán na dvě sezony s opcí na třetí rok.
Původně měl Houssine Kharja nahradit Riccarda Montoliva, jenž byl v létě jednou nohou na odchodu. Montolivo však neodešel a Kharja byl více než na hřišti viděn v italských rychlovlacích, jelikož se dopoduď nepřestěhoval z Milána do Florencie.
| Sezona | Klub | Soutěž | Zápasy | Góly |
| 2011/2012 | Fiorentina | Serie A | 19 | 0 |
| 2010/2011 | Inter | Serie A | 15 | 1 |
| 2010/2011 | Genoa | Serie A | 13 | 0 |
| 2009/2010 | Genoa | Serie A | 7 | 3 |
| 2008/2009 | Siena | Serie A | 36 | 5 |
| 2007/2008 | Siena | Serie A | 15 | 3 |
| 2007/2008 | Piacenza | Serie B | 17 | 2 |
| 2006/2007 | Piacenza | Serie B | 0 | 0 |
| 2006/2007 | Ternana | Serie C1 | 0 | 0 |
| 2005/2006 | Roma | Serie A | 12 | 1 |
| 2004/2005 | Ternana | Serie B | 33 | 2 |
| 2003/2004 | Ternana | Serie B | 35 | 3 |
| 2002/2003 | Ternana | Serie B | 28 | 2 |
| 2001/2002 | Ternana | Serie B | 23 | 2 |
| 2000/2001 | Sporting Lisboa | Primeria Liga | 0 | 0 |
| 1999/2000 | Paris Saint-Germain | Ligue 1 | 0 | 0 |
| Celkem | Serie A | (6 sezon) | 117 | 13 |
| Celkem | Fiorentina | (1 sezona) | 19 | 0 |