Vargas se narodil v Peru. Kariéru začal v klubu Universitario de Deportes, kde si velmi rychle získal místo v prvním týmu. Všichni obdivovali jeho skvělý tah na branku po levé straně, nebo skvěle zahrávané přímé kopy. V tomhle byl vyjímečný a velmi rychle získal i místo v reprezentaci Peru. V roce 2005 přestoupil do Argentinského týmu Colón de Santa Fe, kde hned od začátku dělal dojem na mnoho scoutů v Evropě.
V srpnu v roce 2006 podepsal 4-letou smlouvu v Catanii. Zde patřil k největším oporám a pravidelně byl jedním z nejlepších hráčl Sicilského mužstva. I díky jeho výkonům se Catania 2x vyhnula sestupu do Serie B.
Vargas měl dokonce přestoupit do Realu Madrid, ale většinu fanoušků šokoval, když místo slavného Španělského klubu přestoupil do Toskánské Fiorentiny. Fialky za něj musely obětovat 12 mil. euro.
I zde patří k největším oporám a jeho průniky po levé straně někdy opravdu stojí za to.
| Sezona | Klub | Soutěž | Zápasy | Góly |
| 2009/2010 | Fiorentina | Serie A | 29 | 5 |
| 2008/2009 | Fiorentina | Serie A | 27 | 3 |
| 2007/2008 | Catania | Serie A | 36 | 5 |
| 2006/2007 | Catania | Serie A | 33 | 0 |
| 2005/2006 | Colón | Primera Division (Arg.) | 36 | 1 |
| 2004/2005 | Colón | Primera Division (Arg.) | 18 | 3 |
| 2004/2005 | Universitario | Primera Division (Peru) | 41 | 6 |
| 2003/2004 | Universitario | Primera Division (Peru) | 25 | 1 |
| 2002/2003 | Universitario | Primera Division (Peru) | 3 | 1 |
| Celkem | Serie A | (4 sezony) | 125 | 13 |
| Celkem | Fiorentina | (2 sezony) | 56 | 8 |